Cette université a été fondée par le cardinal Cisneros en 1499, devenant un centre de référence académique aux XVIe et XVIIIe siècles. Des personnages clés de la culture espagnole y ont enseigné ou étudié, comme le philologue Nebrija, Ignace de Loyola, fondateur des Jésuites, le théologien et historien Juan de Mariana, l'écrivain mystique Juan de la Cruz et les écrivains du Siècle d'or espagnol Lope de Vega et Quevedo.
L'université d'Alcalá, avec près de 29 000 étudiants, 2 200 professeurs et 46 diplômes, se distingue dans le système universitaire espagnol par ses travaux de recherche, ses relations internationales ou l'histoire et la conservation des bâtiments qui abritent ses installations dans la ville d'Alcalá, classée au patrimoine mondial, et ses installations modernes sur le campus de Guadalajara.